2019年3月，崇明检察院在东风西沙水库设立了生态检察工作站，加强对崇明重点生态承载区的专业保护。
期间，通过工作站了解到，东风西沙水库上游白茆沙水域有大量船只开展过驳作业，存在严重威胁东风西沙水源地用水安全的情况。
原来，2017年12月，江苏省海门市（现南通市海门区）交通局将白茆沙水域批准设立为跨省临时过驳区，并向海门市江山公司发放了港口经营许可，由该公司负责海门水上临时过驳区经营管理。
这片水域距离下游崇明东风西沙水库仅仅不足10公里，长期有30-40艘作业船只进行大船换小船的砂石料等过驳作业，高峰时段有近百艘。
这些船只多次发生海轮非法过驳、进出港及人员落水等情况，还存在着碰撞、倾覆、漏油、生活垃圾等水污染风险。
船只在航道边停靠时距离最近的取水口只有数百米，威胁水源地安全。据调查，如果上游发生污染事故，十几分钟就能顺流而下到达取水口，导致取水口甚至水库关闭。
接下跨省执法老大难问题白茆沙过驳区跨上海崇明、江苏海门两地，且行政管辖与船舶海事管辖不一致，每天经营收入上百万元，关停造成的经济损失较大，该水域成为了执法监管的“老大难”问题。
崇明区委、区政府对此看在眼里、急在心上。对此，崇明检察院主动提出了开展公益诉讼调查，通过检察职能推动问题解决的初步思路。
崇明检察院前后2任检察长带队赴白茆沙进行水上现场勘查，并与分管副区长、职能部门开展专题协商，互通研判前期调查的进展情况、困难问题，进一步理清症结。
通过多方取证，崇明检察院了解到，白茆沙部分水域在2018年2月经国务院同意被划入上海市生态保护红线，江苏省海门市交通局无权在上海行政区划水域发放港口经营许可，涉嫌超越管辖范围实施行政许可的情况。
据此，崇明检察院依法认定江苏省南通市交通局作为主管部门，应当履行对过驳作业风险监管职责，遂于3月28日以行政公益诉讼案立案调查。
船只在一个月内全部清退在前期异地调查取证且海门市交通局表示积极配合的前提下，崇明检察院坚决摒弃就案办案的思路，在推动撤销超越行政管辖经营许可、终止江山公司在上海行政水域过驳作业的同时，与海门交通局达成过驳区整体迁移整顿的处理共识。
2020年5月、6月，崇明检察院联合海门市检察院先后与海门市交通局举行2次磋商会议，签订诉前磋商备忘录，并与当地主管部门达成“停止行政许可、迁移作业区域、加快弃水上岸”三步走的过驳区整体迁移整顿的处理共识，促成白茆沙北水道船只在一个月内全部清退，占水域10余公里的过驳作业区全面取缔。
白茆沙公益诉讼案的成功办理切实排除了生产作业可能造成的水污染风险，开创了上海风险型公益诉讼的先河，并先后获评上海检察机关公益诉讼十大典型案例、最高检第三批服务保障长江经济带发展典型案例。
